在不断变化的疫情形势下改善COVID监测 - 得知互动

　　Matthew Hardison博士切身体会到了病毒迅速变异带来的损失。2021年8月，他和他的护士妻子以及3个年幼的孩子患上了COVID-19——具体而言，是感染了德尔塔变异株。Hardison博士和他的妻子完成了疫苗接种，DNA测序但德尔塔变异株特别可怕。

　　“德尔塔变异株的传播及其对新冠疫情的影响再怎么强调都不为过，”Hardison说，他是Aegis Sciences Corporation实验室运行高级副总裁。他的实验室位于田纳西州纳什维尔，该实验室负责追踪全美国的阳性病例和新出现的病毒株。“短短几周内，我们看到阳性率从7月的低于2%增加到超过16%，由于这一新的极为强大的变异株不受抑制的传播，我们的样本量增加了5倍。”

　　在他的家庭感染德尔塔变异株康复后几天，Mu变异株被命名。所以新冠病毒不断出现变异株。

　　2020年春天，Aegis Sciences Corporation主要是一家毒理学公司，有一个小型分子实验室，有6名员工。分子团队主要为小型制药公司和消费者健康管理公司提供服务。Aegis可以进行桑格测序和新一代测序，使用包含10个和20个基因的panel，每年处理几百个样本。值得注意的是，Aegis也开发了药物遗传学药物panel和多个新型精神药物panel。

　　“疫情爆发时，我们具有独特的优势，我们已经在应对正在发生的阿片类药物流行。因此，我们把监测冠状病毒视为我们的责任，继续扩展我们的能力。这项工作并不总是能得到医疗保险或私人保险公司的足够报销，但检测是非常关键一步。”

　　Hardison博士的团队开始专注于纳什维尔当地社区和田纳西州。他们的首批样本来自COVID-19集中爆发地区的监狱及周边地区。

　　在美国国立卫生研究院（NIH）和美国卫生与公众服务部（HHS）的诊断加速（RADx）计划的支持下，Aegis在约4个月的时间将其检测通量从每天约1.5万个样本扩大到每天约11万个样本。

　　基于这一成功，Aegis与Walgreens在2020年秋建立了合作关系，联合建立全国监测网络（现在他们可以在全部50个州和波多黎各的超过4000个Walgreens药店进行检测）。除了Walgreens，Aegis还可以为数千家长期护理机构、急症中心和各州的卫生部门提供服务。

　　在2020/2021年冬季爆发后，他们提高了对其他国家开始发现的新出现的SARS-CoV-2变异株的关注。2021年4月，Aegis开始与美国疾控中心（CDC）合作，提供了多达48万条序列。“我们刚开始拥有一台Illumina MiSeq™，后来又购买了2套NovaSeq™6000平台，我们从那时起就一直忙个不停。”他们在不到6周的时间内安装了仪器，并验证并启动了Illumina COVIDSeq™检测。