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标题: 低深度重测序之群体研究新手入门指南 [打印本页]

作者: yulian30 时间: 2022-9-1 09:21
标题: 低深度重测序之群体研究新手入门指南

　　尽管在过去的几十年里，DNA测序成本大幅降低，但研究人员仍然面临着从三个方面考虑测序事宜：1）基因组覆盖度，即被测到的碱基占全基因组大小的比率；2）每个样本的测序深度，测序技术即每个碱基被测到的次数；3）测序的样本总数。

　　简化基因组测序（RAD-seq）的出现使得全基因组变异模式检测取得了突破进展，但是基因组大部分标记未获得是简化基因组的重要限制因素之一。

　　混池测序（Pool-seq）对于群体研究来说能够有效降低成本，但是，混池测序丢失了个体信息，无法进行个体层面的分析，也无法检测个体之间隐藏的信息。

　　有没有一种方案既能在群体水平对整个基因组进行研究，又能同时保留个体信息，而且其费用和RAD-seq、Pool-seq相当呢？

　　低深度重测序（lcWGS）正成为一种有效的替代方案，它借助概率统计策略，通过牺牲测序深度，以换取更大的基因组覆盖度和更大的样本量。那么低深度重测序可以分析什么类型的数据呢？什么样的实验设计可以获得最可靠的结果呢？今天带来低深度重测序群体研究之新手入门指南，希望能给大家带来帮助。

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