等位基因，也被人们称为对偶基因，是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸。大部分时候是脱氧核糖核酸序列，测序深度有的时候也被用来形容非基因序列。
位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形态的基因。不同的等位基因产生例如发色或血型等遗传特征的变化。等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应，可将等位基因区分为不同的类别。在个体中，等位基因的某个形式（显性的）可以比形式（隐性的）表达得多。
等位基因之间存在相互作用。当一个等位基因决定生物性状的作用强于另一等位基因并使生物只表现出其自身的别的性状时，就出现了显隐性关系。作用强的是显性，作用被掩盖而不能表现的为隐性。
一对呈显隐性关系的等位基因，显性完全掩盖隐性的是完全显性(complete dominance)，两者相互作用而出现了介于两者之间的中间性状，如红花基因和白花基因的杂合体的花是粉红色，这是不完全显性(incomplete dominance)。有些情况下，一对等位基因的作用相等，互不相让，杂合子就表现出两个等位基因各自决定的性状，这称为共显性(codominance)。
等位基因与非等位基因的区别：
1.非等位基因就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因，等位基因是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸。
2.控制同一性状的为等位基因，如人的身高，若控制高的基因为显，则此人长得高，若没有此基因，则此人身高由控制矮的隐性基因控制，于是长得矮。非等位基因则控制不同性状，如狗毛的长短和狗毛的颜色。
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