与传统育种方法相比，二代测序全基因组选择最突出的优势是：“快、准、高”。
“快”是指生产性能提升更快。尤其对于世代间隔较长的畜禽，其新品种（系）的育成时间明显缩短。
“准”是指所选群体中的优秀个体选得更准。因为这种技术利用了基因组信息，遗传评估准确性更高，给待选个体的“好与坏”排队排得更准。
“高”是指育种收益高。就是育种收益与育种投入比例，因为选得准、进展快、辅助减少生产性能测定成本等，全基因组选择反而可以更多地降低育种成本，实际育种收益要远高于传统育种收益。
全基因组选择实际是指利用全基因组信息开展育种的一类方法的统称。因此，我国可以独立自主研发更新、更有效率的全基因组选择方法，从科学研究、产业应用两方面着力，建立具有中国特色和优势的全基因组选择方法体系。从种的源头提高我国养殖业的生产效率，保质保量保障国民食材安全；从畜禽产业的源头发力，把我国建设成为世界畜禽种业强国。
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